Werner Mahler wurde 1950 in Boßdorf, Sachsen Anhalt geboren. Seine fotografische Karriere begann er 1971 als Assistent von Ludwig Schirmer. 1978 schloss er sein Studium der Fotografie an der Hochschule für Grafik und Buchkunst in Leipzig ab. In seinen Arbeiten der 70er und 80er Jahre dokumentierte er auf eindringliche Weise das Leben in der DDR, etwa den Alltag in einem thüringischen Dorf, die Arbeit in einem Steinkohlebergwerke bei Zwickau oder die politisch aufgeladenen Derbys zwischen den Fußballvereinen FC Union und BFC Dynamo.

Nach der Wende begründete Werner Mahler die Agentur OSTKREUZ mit, deren Geschäftsführer er bis heute ist. 2005 rief er gemeinsam mit Thomas Sandberg die OSTKREUZSCHULE für Fotografie ins Leben. In seinen neueren Arbeiten kommen häufig historische Kameras zum Einsatz. Mit der Camera Obscura schaffte er traumartige Sequenzen von Schweizer Seen, brandenburgischen Landschaften oder Leonardi da Vincis Wirkstätten in Norditalien. Gemeinsam mit seiner Frau Ute Mahler fotografierte er mit einer alten Plattenkamera Mädchen im Übergang, zwischen Stadt und Land, Kindheit und Reife. Das so entstandene Buch- und Ausstellungsprojekt Monalisen der Vorstadt wurde 2011 mit dem Kunstpreis Fotografie der Lotto Brandenburg ausgezeichnet.